《方案》指出，近年来，长江渔业资源年均捕捞产量不足10万吨，仅占我国水产品总产量的0.15%。伴随渔业资源严重衰退，部分渔民使用“绝户网”“电毒炸”等非法渔具渔法竭泽而渔，形成资源“公地悲剧”和渔民越捕越穷、资源越捕越少的恶性循环。因此，实施长江流域重点水域禁捕既是贯彻落实党中央、国务院决策部署的重要措施，也是有效缓解长江生物资源衰退和生物多样性下降危机的关键之举。
《方案》要求，在长江水生生物保护区，2019年底以前，完成水生生物保护区渔民退捕，率先实行全面禁捕，今后水生生物保护区全面禁止生产性捕捞;
在长江干流和重要支流，2020年底以前，完成长江干流和重要支流除保护区以外水域的渔民退捕，暂定实行10年禁捕，禁捕期结束后，在科学评估水生生物资源和水域生态环境状况以及经济社会发展需要的基础上，另行制定水生生物资源保护管理政策;在大型通江湖泊，大型通江湖泊(主要指鄱阳湖、洞庭湖等)除保护区以外的水域由有关省级人民政府确定禁捕管理办法，可因地制宜一湖一策差别管理，确定的禁捕区2020年底以前实行禁捕;在其他水域，长江流域其他水域的禁渔期和禁渔区制度，由有关地方政府制定并组织实施。此外，禁捕期间，特定资源的利用和科研调查、苗种繁育等需要捕捞的，实行专项管理，具体办法由省级或国家渔业行政主管部门制定并组织实施。
《方案》还明确，退捕渔民临时生活补助、社会保障、职业技能培训等相关工作所需资金，主要由各地结合现有政策资金渠道解决。中央财政采取一次性补助与过渡期补助相结合的方式对禁捕工作给予适当支持。
